Face à necessidade de promover a construção e exploração do transporte ferroviário que abrangesse a totalidade do território de Portugal Continental, e perante o desinteresse do setor privado em assegurar esse projeto, o Estado assumiu a responsabilidade pela infraestrutura e pelo material circulante das regiões do Norte, Alentejo e Algarve.
Em 1899, as redes ferroviárias do Minho e Douro e do Sul e Sueste constituíram-se como Caminhos de Ferro do Estado, lado a lado com as outras companhias existentes, que construíram e exploravam as linhas da Região de Lisboa e Vale do Tejo e do Centro. Em 1927, os CFE acabariam por ser arrendados à CP.
O Arquivo Histórico do IMT detém a documentação relativa à atividade dos CFE, nomeadamente os processos de construção e conservação das vias férreas, estações, oficinas e demais infraestruturas de apoio, os registos contabilísticos e os processos biográficos dos seus trabalhadores.